A ideia da fundação do UniFacema partiu do sonho dos mantenedores, Dr. Humberto Ivar Araújo Coutinho, Maria Aparecida Barroso Coutinho e Aryzaltina Silva Penha, que tiveram como meta proporcionar as famílias de Caxias e região leste maranhense um ensino superior de excelência, comprometido com o desenvolvimento científico, econômico, profissional, social e cultural, tendo como responsabilidade as iniciativas de Ensino, Pesquisa e Extensão. Assim, foi fundado inicialmente como Faculdade de Ciências e Tecnologia do Maranhão (FACEMA), no dia 23 de janeiro de 2009.
Ao longo destes 11 anos, a instituição vivenciou notórias transformações, tanto físico-estruturais quanto no aumento da demanda de cursos oferecidos. Ganhando destaque no ano de 2018, seu credenciamento pelo Ministério da Educação (MEC) como Centro Universitário.
Atualmente a IES está objetivada em expandir suas dependências e a oferta de seu ensino por importantes cidades do estado do Maranhão, a começar pelo UniFacema Campus Codó.
Em sua matriz, o UniFacema passa a oferecer a partir deste ano de 2020, uma inovadora modelagem acadêmica de seus cursos, que alicerçada em um aparato tecnológico de ponta, objetiva fomentar uma formação dos alunos mais condizente com as expectativas do mercado profissional e da Sociedade 4.0.
O que há de constante nestes 11 anos de existência é que o UniFacema nunca se absteve de acompanhar as mudanças positivas de seu tempo, na proposta de permanecer a oferecer um ensino superior de excelência, diferenciado, capaz de formar profissionais de plena competência para atuar no Mercado de Trabalho. Com este fôlego, no completar de mais um ano de aniversário, o UniFacema reafirma sua meta de oportunizar conquistas, ajudar a concretizar sonhos e validar para todos a certeza de que a Educação é o maior bem que um povo pode deter.